De subsidies zijn in principe vrijgesteld van vennootschapsbelasting.

De juridische basis hiervoor wordt gevormd door de Wet van 25 april 2007 houdende diverse bepalingen IV. Deze vrijstelling is van toepassing op premies en subsidies die werden betekend vanaf 1 januari 2007 en voorzover de datum van betekening ten vroegste behoort tot het belastbaar tijdperk dat aan het aanslagjaar 2008 verbonden is.

In verband met boekhoudkundige en fiscale verwerking van subsidies (onder andere voor onderzoek en ontwikkeling) kan het volgende gesteld worden:

1. Boekhoudkundig: Samenvattend kunnen we stellen dat de boekhoudkundige verwerking van de subsidies afhangt van de manier waarop de activa en/of de kosten waarvoor de subsidies gegeven worden, worden geboekt.
   1. de subsidies hebben betrekking op investeringen (te activeren uitgaven). De subsidies worden onder de post “15” op het passief opgenomen voor het totaal verworven bedrag in het jaar van verwerving. Daarna worden de subsidies op periodieke basis via de post “753” als financiële opbrengst in de resultaten getoond volgens hetzelfde ritme als de afschrijvingen op de activa waarvoor de subsidies werden toegekend. De Commissie voor Boekhoudkundige Normen heeft deze methodiek uitdrukkelijk gedocumenteerd en uiteengezet in haar advies 125/8.
   2. de subsidies hebben betrekking op in de kosten te nemen uitgaven. Indien de uitgaven waarvoor de subsidies werden toegekend, betrekking hebben op interesten (te boeken onder code “65”), dienen de daarop toegekende subsidies opgenomen te worden als rentesubsidies via de post “753” in hetzelfde boekjaar als de interesten geboekt worden. Indien de uitgaven waarvoor de subsidies werden toegekend, betrekking hebben op algemene kosten (te boeken onder code “60” tem “64”), dienen de daarop toegekende subsidies opgenomen te worden als bedrijfssubsidies via de post “74” in hetzelfde boekjaar als de algemene kosten geboekt worden.
2. Fiscaal: Vanuit een fiscaal standpunt zullen de subsidies die door de gewesten worden toegekend afzonderlijk worden opgenomen in tabel I A belastbare gereserveerde winst onder punt “j) aanpassingen in meer van de begintoestand van de reserves” voor het totale bedrag aan subsidies die zijn geboekt onder de posten “753” of “74”. Op die manier zullen de kapitaalsubsidies die boekhoudkundig in de opbrengsten zijn genomen, in dat jaar fiscaal uit de belastbare basis genomen worden.